Existen dos directorios principales /debian y /debian-non-US. El primero contiene casi toda la distribución y el segundo contiene paquetes que, por restricciones gubernamentales de los Estados Unidos no pueden ser sacados de éste país sin autorización. Fundamentalmente se trata de programas que hacen uso de sistemas de encriptado, el más significativo es ssh que permite realizar sesiones de conexión al estilo de telnet y emula los comandos típicos de rsh.
Del directorio principal /debian cuelgan los siguientes directorios:
El directorio principal es /debian/dists del que cuelgan los arboles de cada distribución. Existen dos formas de acceder a las mismas: la forma ``canónica'' es a través de los enlaces simbólicos stable y unstable para la distribución estable (2.1 en el momento de redacción de este documento) y la inestable (2.2); y a través del nombre que Debian asigna a cada distribución. Estos nombres se eligen entre los de los personajes de la película de dibujos animados ``Toy Story''. Para Debian 2.1 es slink y para Debian 2.2 es potato. (Debian 2.0 fué hamm).
Dentro de cada distribución se encuentran tres ramas: main (conjunto de paquetes que se encuentran bajo licencia de libre distribución), contrib (paquetes que suponen contribuciones a la distribución sin adherirse por completo a este tipo de licencias) y non-free (paquetes que no es posible distribuir libremente). La última de estas ramas no se encuentra en los CD's y sólo es posible conseguirla a través de la red.
De cualquiera de las distribuciones cuelgan ya los directorios correspondientes a cada arquitectura. Debian soporta en estos momentos binarios para Intel (386), Alpha (DEC), PowerPC (68000) y SPARC. Cada una de estas arquitecturas tiene asignado un directorio que se denomina según el convenio: /debian/dists/(un)stable/binary-<arquitectura>. Por ejemplo, los binarios de slink para intel se encuentran en /debian/dists/stable/binary-i386. En ocasiones los CD's o la propia distribución en algunos mirrors sólo contiene los binarios de algunas de las arquitecturas soportadas.
Existe además un directorio para paquetes independientes de la arquitectura (documentación, archivos de configuración o simplemente datos de entrada a programas) que se encuentran en .../binary-all.
De los directorios de binarios cuelgan ya los paquetes, organizados temáticamente. Junto con ellos se encuentra una archivo que contiene la lista de paquetes que cuelgan del directorio junto con información acerca de dependencias y una breve descripción de cada uno. El archivo en cuestión se denomina Packages.gz y es importante puesto que es el que las herramientas de instalación consultan para resolver dependencias y actualizar la base de datos de paquetes disponibles en cada distribución (especialmente importante en el caso de usar varios CD's para la instalación).
Otros archivos y directorios importantes son: